Знамя – символ полкового, войскового объединения. Святыня, за которую казак обязан биться, не щадя жизни, не допуская его оскорбления или осквернения. Первоначально у казаков знамя было символом договора с иностранными государства о выполнении каких-либо обязательств. Хранилось в Войсковом храме и выносилось в особо важных случаях (праздник, поход, присяга и похороны атамана);

Казаки использовали различные знамёна. Среди них было много “жалованных”.

Так, например: 

Император Священной Римской Империи Рудольф Габсбург в 1593 году даровал казакам золотое знамя с орлом. Знамя передал кошевому атаману Богдану Микошинскому посол Эрих Лесота; казаки имели знамя от австрийского императора Максимилиана I, сделанное "из кармазинового адамашку"; польский король Стефан Баторий пожаловал казакам "клейноды": хоругвь, бунчук и булаву; в 1557 году отряд запорожцев Дмитрия Вишневецкого перешёл на службу к Ивану IV Грозному и получил от него знамя; в 1632 году казаки получили от русского царя "знамя нарочитое из запасних знамен — послать то знамя Тулских Черкас, и Днепровских козаков голове Йвану Ворыпаю". Описание знамени: “Тафта веницейская, опушка червлена, всередине два клина желтых да один клин черен, на черном клину круг тафта червлена, тафты в нем два аршина б вершков..." 

В 1646 году польский король Владислав IV даровал казакам синее знамя с бело-красным орлом (подобная композиция на некоторых географических картах именовалась гербом Украины). 

В 1649 году от польского короля Яна Казимира казаки получили красное знамя с белым орлом, 2 русскими крестами и надписью “Ioannes Casimirus Rex Poloniae”; 31 июля 1651 года в Чигирине посол турецкого султана Чауш Осман-ага вручил Богдану Хмельницкому булаву, саблю, халат и знамя с изображением луны; В 1653 году московское посольство боярина В.В.Бутурлина вручило Хмельницкому знаки власти, в числе которых знамя со Спасом; 

Павел Алеппский писал, что в 1654 году видел у войска гетмана Хмельницкого "знамя христолюбивого воинственного гетмана Зиновия из черной и желтой материи полосами с водруженным на нем крестом”; в 1654 году Богдан Хмельницкий получил от русского царя Алексея Михайловича знамя с изображением Всемилостивейшего Спаса, Пресвятой Богородицы, Святых Антония и Феодосия Печерских и Святой Варвары (знамёна передал посланник Бутурлин в Переяславе); в 1665 году гетьману Брюховецкому от русского царя передано знамя "цвета середина тафта червлена, опушка тафты зеленая, по знамени круги тафта лазоревая". 

В 1706 году в Бендерах казакам Ивана Мазепы турецкий султан даровал сине-красную хоругвь, на красном поле полумесяц и звезда, на синем – “золотой крест Восточной церкви”. 

Пётр I даровал гетману Апостолу белое знамя с государственным гербом. Оно же использовалось при гетмане Разумовском; В 1762 году Екатерина II передала для атамана казаков новые клейноды: булаву, знамя, литавры, печать, пернач, значки и палицу. То же самое случалось при выборах каждого нового атамана. Известно, например, жёлтое знамя Запорожья.

В 1763 году атаман П.Калнишевский за свой счёт изготовил синее знамя с изображениями Петра и Павла, церкви, двуглавого орла. 

Вообще, к середине XVII века главным знаменем казачьей державы было красное с изображением Архангела Михаила. Большое знамя (хоругвь) Сечи описывалось так: на одной стороне на красном фоне Архангел Михаил, на другой – белый крест, золотые солнце, полумесяц и звезды. 

Подобную расцветку знамени запорожцев некоторые исследователи склонны связывать с данью памяти казацкому вождю Дмитрию Байде-Вишневецкому, потомку турово-пинской ветви Рюриковичей (имевшему родовой герб схожей композиции).

Знамя с архангелом Михаилом появилось при Б.Хмельницком. Рассказывая об осаде Львова в 1655 году, современник писал: "Хмельницкий ехал как гетман... За ним несут новый червоный флаг, бунчук из конского белого хвоста, над ним на белой китайке вышит его герб: Абданк с крестом. Второй флаг украшен изображением Святого Михаила, поражающего змею" 

Отдельные курени, полки, паланки также имели свои знамёна, при чём самых различных цветов и рисунков. Обычно знамёна несли религиозную символику. 

Из книги В.Ф. Никитина "Традиции казачества".